Jönköping Academy for Improvement of Health and Welfare bildades 2009 genom ett gemensamt initiativ mellan Jönköping University, Region Jönköpings län (dåvarande Landstinget) och länets 13 kommuner. Den främsta målsättningen var att stärka samarbetet och även etablera ett masterprogram i kvalitetsförbättring och ledarskap. Åren gick, utbildningen växte, men också forskningsprojekten och antalet nätverk och lokala, nationella och internationella sammanhang som efterfrågade vår kunskap. Under 2020 skrevs ett nytt avtal mellan Jönköping University och Region Jönköpings län, under 2021 togs en ny vision och mission fram och ny ledningsgrupp, styrgrupp, föreståndare och koordinator tillsattes.

Masterprogrammet i Kvalitetsförbättring och ledarskap inom hälsa och välfärd, bedrivs även fortsättningsvis på Hälsohögskolan av Avdelningen för Kvalitetsförbättring och ledarskap, i samverkan med Jönköping Academy.